Making kernels for jupyter

一个内核是运行和解析用户代码的程序。IPython包含了一个运行和解析Python代码的内核，而且人们已经写了多种语言的内核。

当Jupyter开始一个内核的时候，它会传递它一个连接文件。它指定了如何与前端开始通信。

以下是实践：

安装环境

$ conda create -n py365400 python=3.6.5 jupyter ipykernel
$ conda activate py365

列出当前内核

在Unix系统中，可用的内核列在如下文件夹中（Kernel specs）:

System:

/usr/share/jupyter/kernels
/usr/local/share/jupyter/kernels

Env:

{sys.prefix}/share/jupyter/kernels

User:

~/.local/share/jupyter/kernels (Linux)
~/Library/Jupyter/kernels (Mac)

用户位置的优先级高于系统级别的，忽略名字的大小写。因此不论系统是否大小写敏感，都可以以同样的烦噶事来获取内核。因为内核名字会在URL出现，因此内核名字需要是一个简单的，只使用ASCII字母，数字和简单的分隔符-，.， _。如果设置了 JUPYTER_PATH 环境变量的话，也会搜索其他位置。

例如在我的Mac上，有两个个内核，一个是 python 3 的，另一个是 pyspark(python 2) 的。

$  jupyter kernelspec list
Available kernels:
  pyspark2    /Users/qiwihui/Library/Jupyter/kernels/pyspark2
  python3     /usr/local/miniconda3/envs/py365/share/jupyter/kernels/python3

在内核文件夹下，现在会使用三种类型的文件。kernel.json, kernel.js和log图片文件。目前，没有使用其他文件，但是将来可能会改变。

最重要的文件是 kernel.json，应该是一个json序列化的字典包含以下字段

argv: 用来启动内核的命令行参数列表。{connection_file} 将会被实际的连接文件的路径替换。
display_name: 在UI上展示的内核名字。不像在API中使用的内核名字，这里的名字可以包含任意字符。
language: 内核的语言名字。当载入notebook的时候，如果没有找到匹配的内核，那么匹配相应语言的内核将会被启动。这样允许一个写了任何Python或者julia内核的notebook可以与用户的Python或者julia内核合适的联系起来，即使它们没有在与用户内核同样的名字下。
interrupt_mode：可能是signal或者message指定了客户端如何在这个内核中停止单元运行。是通过发送一个信号呢，还是发送一个interrupt_request消息在control channel。如果没有指定，将默认使用signal模式。
env：为内核设置的环境变量。在内核启动前，会添加到当前的环境变量里。
metadata：关于这个内核的其他相关属性。帮助客户端选择内核。

比如：

$ cat /usr/local/miniconda3/envs/py365/share/jupyter/kernels/python3/kernel.json 
{
 "argv": [
  "/usr/local/miniconda3/envs/py365/bin/python",
  "-m",
  "ipykernel_launcher",
  "-f",
  "{connection_file}"
 ],
 "display_name": "Python 3",
 "language": "python"
}

当内核开始的时候将会传入一个连接文件的路径，这个文件只对当前用户可用，会包含类似下面的一个JSON字典。

{
  "control_port": 50160,
  "shell_port": 57503,
  "transport": "tcp",
  "signature_scheme": "hmac-sha256",
  "stdin_port": 52597,
  "hb_port": 42540,
  "ip": "127.0.0.1",
  "iopub_port": 40885,
  "key": "a0436f6c-1916-498b-8eb9-e81ab9368e84"
}

transport, ip 和设定了该使用 ZeroMQ 绑定的五个_port。比如 shell 套接字的地址应该是：tcp://127.0.0.1:57503。在每个内核开始的时候会指定随意的端口。signature_scheme 和 key 用来加密信息，因此系统的其他用户不能发送代码来运行内核。

现在我需要自己定义一个内核，这个内核可以执行我们定义的逻辑。

添加新内核

这是简单的重用 IPython 的内核机制来实现这个新的内核。

步骤：

子类化ipykernel.kernelbase.Kernel，然后实现下面的方法和属性

class MyKernel

- implementation
- implementation_version
- banner
    Kernel info会返回的信息。Implementation指的是内核而不是语言，比如IPython而不是Python。banner是在控制UI上显示第一个提示符之前的东西。这些都是字符串

- language_info
    Kernel info会返回的信息字典。应该包含mimetype键，值是目标语言的mimetype，比如text/x-python。name键是实现的语言比如python，file_extension比如.py，而且也可能根据不同语言包含codemirror_mode和pygments_lexer

- do_execute(code, silent, store_history=True, user_expressions=None, allow_stdin=False)

    执行用户代码

        - code：要执行的代码
        - silent：是否展示输出
        - store_history: 是否在历史里记录代码，并且增加执行次数。
        - user_expressions：在代码被执行后对这些表达式求值
        - allow_stdin：前端是否提供输入请求

    你的方法应该返回一个字典，包含在Execution results规定的字典。为了展现输出，它可以使用send_response() 来发送消息。

为了启动你的内核，在模块后面加上：

if __name__ == '__main__':
    from ipykernel.kernelapp import IPKernelApp
    IPKernelApp.launch_instance(kernel_class=MyKernel)

现在创建一个JSON的内核说明文件，然后通过 jupyter kernelspec install </path/to/kernel>。将你的内核模块放在Python可以导入的地方，一般是当前目录(做测试)。最后，你可以使用 jupyter console --kernel <mykernelname> 来运行你的内核。

例子：

$ ls echo/
echokernel.py kernel.json

echokernel.py:

from ipykernel.kernelbase import Kernel

class EchoKernel(Kernel):
    implementation = 'Echo'
    implementation_version = '1.0'
    language = 'no-op'
    language_version = '0.1'
    language_info = {
        'name': 'Any text',
        'mimetype': 'text/plain',
        'file_extension': '.txt',
    }
    banner = "Echo kernel - as useful as a parrot"

    def do_execute(self, code, silent, store_history=True, user_expressions=None,
                   allow_stdin=False):
        if not silent:
            stream_content = {'name': 'stdout', 'text': code}
            self.send_response(self.iopub_socket, 'stream', stream_content)

        return {'status': 'ok',
                # The base class increments the execution count
                'execution_count': self.execution_count,
                'payload': [],
                'user_expressions': {},
               }

if __name__ == '__main__':
    from ipykernel.kernelapp import IPKernelApp
    IPKernelApp.launch_instance(kernel_class=EchoKernel)

kernel.json:

{
    "argv":["python","-m","echokernel", "-f", "{connection_file}"],
    "display_name":"Echo"
}

安装

$ jupyter kernelspec install echo --user

这里，只为当前用户添加这个kernel。

查看

$ jupyter notebook

选择新创建的内核创建 notebook，并运行代码。

jupyter with new kernel echo

一些坑

运行 notebook 时无法找到 echokernel 模块：

[I 15:48:27.754 NotebookApp] Kernel started: 77759cfa-db55-4b70-be23-c14d69f8d87d
/usr/local/miniconda3/envs/py365/bin/python: No module named echokernel
[I 15:48:30.750 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5), new random ports
/usr/local/miniconda3/envs/py365/bin/python: No module named echokernel
[I 15:48:33.766 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (2/5), new random ports
/usr/local/miniconda3/envs/py365/bin/python: No module named echokernel
[I 15:48:36.789 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (3/5), new random ports
/usr/local/miniconda3/envs/py365/bin/python: No module named echokernel
[I 15:48:39.812 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (4/5), new random ports
/usr/local/miniconda3/envs/py365/bin/python: No module named echokernel

需要将 echokernel.py 放置在 python PATH 中，这样在执行命令时才能访问到。

删除内核

$ jupyter kernelspec uninstall echo

Making kernels for jupyter

安装环境

列出当前内核

添加新内核

查看

一些坑

更多命令

删除内核

参考

Comments